RFF a mené pendant plus de trois ans une série d’études spécifiques sur l’ensemble du tracé, en liaison avec les Missions InterServices de l’Eau et les Directions Régionales de l’Environnement. Au vu des résultats, le projet a été aménagé pour limiter l’impact en zone inondable, garantir la qualité de l’eau et respecter les espèces vivant en milieu aquatique.
En application de la loi sur l’eau, la construction d’une ligne ferroviaire nouvelle est soumise à des règles strictes. Cela d’autant plus que comme le reconnaît la responsable environnement de La LGV Rhin Rhône ' Tous les ouvrages, travaux et installations peuvent avoir une influence sur l’écoulement ou la qualité des eaux '.
Réseau Ferré de France en liaison avec les missions Inter-Services de l’Eau et les Directions Régionales de l’environnement a réalisé plusieurs études hydrauliques, et cela pendant plus de deux ans.
En raison de son ampleur, le parcours de la ligne a été divisé en cinq grands bassins hydrauliques qui ont chacun fait l'objet d'une enquête publique 'loi sur l'eau' :
le bassin de la Saône, le bassin de la basse vallée de l'Ognon, le bassin de la moyenne vallée de l'Ognon, le bassin de la haute vallée de l'Ognon, le bassin des affluents du Doubs.
Le franchissement de chaque cours d'eau, quelle que soit sa taille et même s'il est intermittent, fait l'objet d'une étude. Les principales rivières font l'objet d'études spécifiques.
Outre les incidences hydrauliques : Les ouvrages sont dimensionnés et conçus en fonction des crues centennales ou de la crue supérieure connue. Les études nécessaires à l'évaluation de l'incidence du projet sur le milieu aquatique (faune et flore) ont été menées sur tout le tracé. Les mesures nécessaires à la prévention de ce milieu sont déterminées. Des passages pour pêcheurs seront aménagés dans le cas de rivières à vocation piscicole.
Enfin, les quantités et la nature des produits utilisés pour le désherbage de la plate-forme sont agrées selon les normes du Ministère de l'Agriculture afin de ne pas génèrer de pollution pouvant porter atteinte à la santé publique.
