La LGV Rhin-Rhône Branche Est est le premier projet à avoir intégré les enjeux environnementaux autant en amont : les enjeux majeurs liés à la préservation des vallées alluviales et aux milieux remarquables ont été étudiés et cartographiés.
La définition du tracé de la ligne a tenu compte des zones les plus sensibles afin d’atténuer l’impact du projet sur la faune et la flore.

Des relevés détaillés de la flore et de la faune ont été réalisés à partir de 2003 par des bureaux d’études spécialisés et ont permis de faire un état initial le plus exhaustif possible des espèces présentes. Ces inventaires se sont poursuivis chaque année afin de permettre la prise en compte des différentes saisons  et des conditions météorologiques différentes suivant les années, pour la flore et la faune (avifaune, batraciens, mammifères, chauve-souris, insectes, etc). Puis, des croisement de données obtenues par thèmes sur une entité géographique donnée, ont permis de déterminer les impacts du projet et de définir les mesures les mieux adaptées pour préserver la biodiversité.

Par exemple, diverses mesures liées à la préservation et au respect de la faune sont mises en place :

  • clôture des milieux sensibles en phase chantier
  • clôture de l’emprise ferroviaire en phase exploitation et création de passages à faune, permettant le maintien des déplacements des mammifères.

A noter sur les 140 km de linéaire, 37 passages «grande faune» (cerf, chevreuil, sanglier…) ont été prévus en concertation avec les associations locales et les élus locaux et 51 passages «petite faune» (renard, blaireau,… .) ont été spécifiquement aménagés.

D’autres mesures en faveur de la faune ont été mises en place :

  • préservation des populations de chauves-souris, par plantations de haies et renforcement des ripisylves le long des cours d’eau
  • création de mares pour les amphibiens (crapauds, grenouilles, tritons, salamandres),
  • aménagements favorables à la circulation des poissons dans les cours d’eau
  • plantation de vergers favorables aux oiseaux

Concernant la flore, une cartographie détaillée de la végétation avait été réalisée avec une précision permettant de distinguer les associations végétales. Cela a permis de déterminer des mesures adaptées aux différents milieux traversés comme :

  • la végétalisation des talus et les plantations sur les remblais / déblais de la ligne avec des essences locales dans l’optique de mettre en valeur les paysages,
  • la préservation des prairies de fauche et des zones humides par acquisition de certaines zones sensibles et mise en œuvre de conventions de mesures agri-environnementales avec les agriculteurs riverains.