Le train est le mode de transport le plus favorable à l'environnement en termes de consommation d'énergie et d'émissions de gaz à effet de serre. Cet atout serait pourtant très fortement remis en cause si la construction et l'entretien des lignes ferroviaires nuisaient au cadre de vie des riverains ou mettaient en danger la biodiversité des territoires traversés. C'est pourquoi RFF accorde une attention particulière à l’environnement humain et naturel de ses lignes dans un esprit partagé d’intégration durable.
Plusieurs enjeux environnementaux sont intégrés dès la conception d'une ligne nouvelle, en prévision de sa construction et de son exploitation :
- le milieu humain : bruit et insertion paysagère de la ligne
- la protection des cours d’eau et des eaux souterraines
- les milieux naturels : préservation de la biodiversité
